Saludos,
De acuerdo a su requerimiento, me gustaría apoyarlos en la solución a su problema, poniendo en total funcionamiento su tienda con el nuevo diseño (naturalmente organizando el desorden :) ).
Es común, cuando ocurren éste tipo de problemas, que todo se deba a la implementación inicial, y es que Magento usa una estructura muy puntual de archivos, donde se contemplan directorios especiales donde se guarda la parte visual del navegador y lo que estará oculto a los ojos de cualquier usuario, algo que garantiza la seguridad de la tienda. Cuando alguien sin los conocimientos apropiados intenta cuadrar un diseño en magento termina resultando un desastre :)
Conozco Magento, creo templates e implemento tiendas en ésta plataforma, por lo que puedo garantizar el trabajo.
Ahora bien, naturalmente no puedo hablarle de tiempos (sólo aproximado) porque desconozco con lo que me encontraré, pero le dedicaré todo el tiempo para entregarle en un par de días.
Gracias por la oportunidad.